1957年5月20日，從金沙江以東流竄到拉薩的以恩珠倉公布扎西為首的叛亂分子在噶廈的默許下，在拉薩建立了一個名叫 四水六崗 的叛亂組織。7月， 四水六崗 向達賴喇嘛獻 金寶座 ，達賴喇嘛給到場的甘青川滇各地的叛亂分子的代表500人掛了哈達。

　　1958年3月， 四水六崗 、三大寺、藏軍的代表聚集在恩珠倉在拉薩的住宅，策劃組織更大規(guī)模的叛亂。6月，恩珠倉帶著空投特務(wù)和電臺到山南哲古宗建立叛亂武裝根據(jù)地，7月間在山南宣市成立 衛(wèi)教軍 ，叛亂活動迅速蔓延到西藏大部分地區(qū)。8月，恩珠倉率叛亂分子近千人竄到后藏南木林，取走噶廈存放在甘丹青柯寺的藏軍的武器裝備，擴大叛亂武裝。10月，叛亂分子700多人圍攻中共山南分工委駐地澤當，經(jīng)過激烈戰(zhàn)斗后被擊退。藏軍各代本的連、營長在羅布林卡開會，決定允許藏軍去參加叛亂武裝，此后就有成股的藏軍官兵攜槍參加叛亂。叛亂分子襲擊解放軍的車隊的規(guī)模越來越大。

　　1958年11月2日在中央的提醒和勸導下，達賴喇嘛召集噶廈的全體噶倫、三大寺的堪布、藏軍司令、侍從堪布等人開會，要求西藏地方政府全體官員對平叛采取積極態(tài)度，認真負起平叛的責任。但是少數(shù)反動分子卻錯誤估計形勢，以為中央不敢平叛，解放軍兵力不足，解放軍在西藏難以堅持。在11月5日噶廈的全體官員會議上，噶廈的官員們名義上討論如何平息叛亂，實際上卻在討論如何支持和掀起更大的叛亂，并決定達賴喇嘛不宜去北京參加中華人民共和國第二屆全國人民代表大會 。緊接著美國中央情報局向山南的叛亂武裝空投和運送了大量武器彈藥，支持叛亂。12月，山南叛亂武裝在貢噶、扎囊兩次伏擊解放軍車隊，每次都造成解放軍官兵數(shù)十人陣亡。

　　1959年1月，恩珠倉為首的叛亂分子2000人再次圍攻山南分工委駐地澤當，激戰(zhàn)70多天，直到拉薩市的叛亂平定后才解圍。同時，在拉薩地區(qū)也聚集了越來越多的叛亂武裝分子，準備在拉薩制造大規(guī)模的叛亂。在武裝叛亂愈演愈烈的情況下，中央和西藏工委多次要求噶廈官員認真負起維護地方安寧的職責，采取有力的措施，平息叛亂。但是噶廈中的反動勢力始終采取陽奉陰違的辦法，縱容和支持武裝叛亂。最后終于造成1959年3月的拉薩事件。1959年3月17日，達賴喇嘛出逃印度。

　　1959年4月～1965年1月，擔任第二屆全國人民代表大會常務(wù)委員會副委員長。

　　達賴集團叛逃國外后，始終沒有放棄 西藏獨立 的主張和分裂國家的活動，在美國中央情報局的支持下，在印度宣布成立 西藏獨立國 ，在印度、尼泊爾建立了叛亂武裝基地，長期對我邊境實施武裝襲擾。